Univerzitet organizuje i izvodi studije II. ciklusa iz naučnih i stručnih oblasti za koje je akreditovan i ima dovoljan broj prijavljenih kandidata. Po uspješnom završetku studija II. ciklusa studenti stiču akademsku titulu i zvanje u skladu sa odredbama Pravilnika o načinu korištenja akademskih titula, sticanju stručnih i naučnih zvanja i sadržaju javnih isprava koje izdaje Univerzitet. Ukupan broj ECTS bodova potreban za sticanje akademskog zvanja nakon završenog II. ciklusa studija je 300 (ukupan zbir ECTS kredita ostvarenih na I. i II. ciklusu studija). Drugi ciklus studija organizuje se i izvodi prema utvrđenim studijskim programima za određene studijske odsjeke na svakoj organizacionoj jedinici. Studijski programi su koncipirani u skladu sa postojećim usmjerenjima i naučnim oblastima koje se izučavaju na I. ciklusu studija spomenutih fakulteta.
Lista predmeta studijskih programa se ažurira svake školske godine sa ciljem da se prate stručna i naučna kretanja u odgovarajućoj oblasti. Fakultet zadržava pravo da na početku svakog ciklusa donese odluku za koje predmete će se organizovati nastava, a na osnovu interesovanja kandidata i raspoloživih resursa.
U skladu sa evropskim sistemom prenosa bodova (ECTS) obim studijskog programa iznosi 60 ECTS bodova u jednoj studijskoj godini, odnosno 120 ECTS bodova u dvije studijske godine. Broj ECTS bodova za pojedini predmet određuje se prema ukupnoj opterećenosti studenata i prema istom principu kako je navedeno za I. ciklus studiranja – dodiplomski studij. Studiji II. ciklusa na Univerzitetu traju dva semestra (jednu studijsku godinu) za studente koji su završili četverogodišnji dodiplomski studij i nose ukupno 60 ECTS bodova, odnosno četiri semestra (dvije studijske godine) za studente koji su završili trogodišnji dodiplomski studij i nose ukupno 120 ECTS bodova.
Kandidat koji završi drugi ciklus studija stiče akademsku titulu i zvanje magistar za određenu oblast uz bližu oznaku odsjeka ili smjera, na primjer, magistar ekonomije iz oblasti finansija. Za studij II. ciklusa iz grupe tehničkih nauka u trajanju od dvije studijske godine sa ostvarenih 120 ECTS studijskih bodova, što sa I. ciklusom studija ukupno iznosi 300 ECTS studijskih bodova, pored zvanja magistar dodaje se i zvanje diplomirani inžinjer sa naznakom odsjeka ili smjera. Pravila II. ciklusa studija dostupna su na: www.unt.ba/propisi.
