Rektorat, putem kojeg se organizuje rad Univerziteta i njime rukovodi, čine rektor, prorektori i generalni sekretar:
- prof. dr. Rasim Dacić, rektor;
- doc. dr. Namik Čolaković, prorektor za nastavu i studentska pitanja;
- prof. dr. Hazim Selimović, prorektor za naučnoistraživačku djelatnost;
- prof. dr. Mensur Kustura, prorektor za međunarodnu saradnju i razvoj;
- dipl. iur. Amra Mujčić, generalni sekretar.
