Organizacija Univerziteta uslovljena je njegovim osnovnim zadacima, funkcijom u društvu i potrebom da se osiguraju optimalni uslovi za ostvarivanje registrovane djelatnosti. Univerzitet ostvaruje zadatke utvrđene članom 2 Okvirnog Zakona o visokom obrazovanju u BiH i Instrukcijom o postupku, mjerilima i kriterijima za osnivanje i rad visokoškolskih ustanova SBK/KSB i Statutom kao osnovnim aktom visokoškolske ustanove, a naročito:
1. Prati, izučava, podstiče i koordinira unapređivanje i moderniziranje nastavno-naučnog, naučno istraživačkog i nastavno-umjetničkog rada od interesa za organizacione jedinice Univerziteta i osnivače, Srednjobosanski kanton, Federaciju BiH i Bosnu i Hercegovinu.
2. Utvrđuje i realizira programe razvoja djelatnosti visokog obrazovanja i naučnoistraživačkog rada u skladu sa usvojenim i verificiranim standardima i normativima, a u skladu sa načelima akademske autonomije i akademskih sloboda u zakonskim okvirima.
3. Organizira studij I. ciklusa za sticanje akademske titule odnosno stručnog zvanja The degree of Bachelor ili ekvivalenta i studij II. i III. ciklusa za sticanje akademske titule i zvanja magistra ili ekvivalenta, kao i akademske titule odnosno naučnog zvanja doktora ili ekvivalenta.
4. Utvrđuje opće nastavne predmete koji ulaze u nastavne planove i programe članica.
5. Utvrđuje zajedničke nastavne predmete koji se izučavaju na grupama srodnih članica, odnosno na matičnoj članici za dodiplomski i postdiplomski studij.
6. Daje prethodnu saglasnost na nastavni plan i programe stručnih i fakultativnih nastavnih predmeta dodiplomskog i postdiplomskog studija koje organiziraju i izvode članice.
7. Prati primjenu nastavnih planova i programa, predlaže njihovo cjelovito preispitivanje radi izmjena ili inovacija u ciklusima ne dužim od četiri godine.
8. Učestvuje u radu na ujednačavanju kriterija za upis studenata i učestvuje u nadzoru sprovođenja postupka upisa studenata.
9. Utvrđuje uslove i postupak za sticanje doktorata nauka i učestvuje u provođenju tog postupka.
10. Na prijedlog organizacionih jedinica daje prethodnu saglasnost za izbor nastavnika, naučnih i drugih saradnika na organizacionim jedinicama Univerziteta i vrši izbor nastavnika i saradnika u univerzitetskim nastavno-naučnim, odnosno nastavno-umjetničkim i naučnoistraživačkim jedinicama.
11. Utvrđuje univerzitetske programe naučnoistraživačkog rada i učestvuje u realizaciji tih programa u saradnji sa članicama i drugim zainteresovanim visokoškolskim i naučnim institucijama ili preko svojih naučnoistraživačkih jedinica.
12. Sarađuje sa naučnim, nastavno-naučnim i drugim ustanovama u BiH i inostranstvu radi unapređivanja i razvijanja osnovnih djelatnosti visokog obrazovanja i nauke.
13. Utvrđuje univerzitetski izdavački plan koji obuhvata udžbeničku i drugu stručnu literaturu, a realizira ga u saradnji sa zainteresovanim izdavačkim kućama.
14. Dodjeljuje počasni doktorat Univerziteta i univerzitetska počasna zvanja.
15. Organizira, utvrđuje i razvija jedinstveni informaciono-dokumentacioni sistem Univerziteta i njegovo uključivanje u međunarodne informacione sisteme.
16. Stara se o uvjetima života i rada studenata, materijalnim pitanjima nastavnika i ostalih zaposlenika Univerziteta.
17. Stara se o permanentnom obrazovanju i usavršavanju diplomiranih i drugih završenika visokoškolskih ustanova.
Univerzitet obavlja i druge zadatke utvrđene zakonom, drugim propisima i općim aktima Univerziteta. Shodno sa Klasifikacijom djelatnosti BiH 2010. ( Sl. Glasnik BiH 47/10), Univerzitet se bavi djelatnostima koje su navedene u članu 10. Statuta Univerziteta, www.unt.ba/propisi/statut.pdf.
Unutrašnjom organizacionom strukturom, odnosno zajedničkim i povezanim radom svih djelova, na Univerzitetu se obezbjeđuju optimalni uslovi za ostvarivanje osnovnih zadataka u naučno-nastavnom, naučnoistraživačkom, stručnom i umjetničkom radu. U sastavu Univerziteta u Travniku nalazi se pet fakulteta kao organizacionih jedinica:
-Fakultet za menadžment i poslovnu ekonomiju u Travniku, sa sljedećim usmjerenjima:
-Opći menadžment,
-Menadžment u bankarstvu i osiguranju,
-Poslovna ekonomija,
-Poslovna informatika (u akd. 2010/’11. nije bilo upisa studenata),
-Menadžment u turizmu i ugostiteljstvu (u akd. 2010/’11. nije bilo upisa studenata);
-Pravni fakultet u Kiseljaku, sa sljedećim usmjerenjima:
-Opći smjer,
-Javna uprava,
-Poslovno pravo (u akd. 2010/’11. nije bilo upisa studenata);
-Edukacijski fakultet u Travniku, sa sljedećim usmjerenjima:
-Opća kineziologija,
-Sportski menadžment,
-Sport – trenerska (u akd. 2010/’11. nije bilo upisa studenata),
-Specijalne namjene – vojska, policija i zaštitari,
-Razredna nastava,
-Predškolski odgoj (u akd. 2010/’11. nije bilo upisa studenata),
-BHS jezik i književnost,
-Razredna nastava i bhs jezik i književnost,
-Matematika i informatika;
-Fakultet za tehničke studije u Kiseljaku, sa sljedećim usmjerenjima:
-Grafičko inžinjerstvo,
-Inžinjerstvo multimedije,
-Grafički dizajn;
-Farmaceutsko-zdravstveni fakultet u Travniku, sa sljedećim usmjerenjima:
-Farmaceutski,
-Radiološki,
-Opći smjer – sestrinstvo.
Treba napomenuti da svi navedeni studijski programi nisu aktivni i da se prije početka svake akademske godine, na osnovu prijavljenog broja kandidata donosi odluka o realizaciji studijskih programa. Na šemi broj 1. predstavljene su organizacione jedinice i njihovi studijski programi na kojima se realizovao nastavni proces u akademskoj 2010/'11. godini.
Organizacija Univerziteta definisana je Statutom Univerziteta od člana 16. do člana 41, www.unt.ba/propisi/
Univerzitet svoju djelatnost ostvaruje djelovanjem na dva lokaliteta. U Travniku gdje se nalaze Fakultet za menadžment i poslovnu ekonomiju, Edukacijski fakultet i Farmaceutsko-zdravstveni fakultet i u Kiseljaku gdje su smješteni Pravni fakultet i Fakultet za tehničke studije. Fakultet za menadžment i poslovnu ekonomiju i Edukacijski fakultet su smješteni u zgradi Univerziteta, a ostali fakulteti imaju svoje objekte na posebnim lokacijama. Navedeni fakulteti su povezani u nastavnom procesu koji se realizira na Univerzitetu, posebno na svakom fakultetu, ali pod istim uređenjem i pravilima koja su donesena na nivou Univerziteta. Sve aktivnosti se usklađuju i zadaci se usmjeravaju uz korištenje svih raspoloživih resursa Univerziteta koji se međusobno dopunjuju i koordiniraju radi postizanja određenih ciljeva i zadataka Univerziteta, a koji su propisani Statutom Univerziteta, član 9 i član 10, www.unt.ba/propisi/
Bez obzira na organizaciju koja podrazumijeva djelovanje na dva lokaliteta i u kojoj fakulteti imaju posebne odvojene objekte u kojima su smješteni, sistem organizacije je uspješno postavljen i u svom dosadašnjem radu pokazao je dobre rezultate. Organizacija i nadležnost fakulteta kao organizacionih jedinica bliže su utvrđene Statutom Univerziteta od člana 41 do člana 62, www.unt.ba/propisi/
